В этой игре Принц держит свой путь домой, в Вавилон, вместе с Кайлиной - загадочной Императрицей Времени. Однако по прибытию в родные края, вместо мира и спокойствия, которых он так ждал после долгих странствий, он находит своё королевство разорённым войной, а в придачу к этому Кайлина оказывается жертвой коварного заговора.После её похищения Принцу удаётся отследить, как пленницу ведут во дворец - но ему удаётся лишь быть свидетелем её казни.Смерть Императрицы освобождает Пески Времени, которые наносят свой беспощадный удар по Принцу и грозят уничтожить всё, что ему дорого в этом мире. Выброшенный на улицу, преследуемый как загнанный зверь, Принц очень быстро узнаёт, что зловещие Пески испортили и его самого: они дали жизнь смертоносному Темному Принцу, дух которого постепенно начинает овладевать им...Справится ли Принц с этим наваждением или падёт жертвой своего ужасного антипода? На этот вопрос можно ответить, только в конце этой превосходной игры...