Построенный на успехе NARUTO: Rise of a Ninja, сиквел покажет нам развившегося и уважаемого ниндзю Наруто. Но его статус и способности вызывают зависть у его друга и товарища по команде - Саске. Враг деревни Орочимару, пользуется ситуацией и убеждает Саске перейти на его сторону, чтобы он стал сильнее. Вместе с друзьями, Наруто идет на поиски Саске, чтобы вернуть и спасти его.
NARUTO: The Broken Bond также единственная игра из вселенной Наруто, кроме NARUTO: Rise of a Ninja, в которую можно играть в многопользовательском режиме.[b]